1903年的4月26日，马德里竞技俱乐部在马德里市曼萨纳雷斯河畔创立，当时它还仅仅是毕尔巴鄂竞技的一家子俱乐部。1911年，马竞第一次确立本队主场队服为红白间条衫，这是由毕尔巴鄂的球衣转变而来的，不同的是，不论是红色条纹还是白色条纹，条纹宽度都要比毕尔巴鄂球衣上的宽。

1921年他们正式脱离毕尔巴鄂，成为一家独立的俱乐部。1923年，马竞拥有了自己的主场。马德里竞技是1928-1929赛季西班牙联赛创建球队之一。但仅仅一个赛季后，马竞就降入乙级，此时的马竞在外有毕尔巴鄂、巴萨，内有皇马的环境下被压制了将近20年，直到1948年。

马竞第一次崛起的时间是在1950-1951赛季，当时他们夺得了第一个西甲冠军，据有讽刺意味的是，当时的总统佛朗哥在为马竞颁发奖杯时受到了球迷的嘘声。在第二个赛季，马竞成为西甲历史上第五支连续两年夺得西甲联赛冠军的球队。

随后的十五年间，竟然完全成为皇马对西甲、也是对欧洲足坛的垄断时期，皇马夺得了9届西甲冠军、5座欧洲冠军杯。但是即使是在皇马如此鼎盛的时期，有一名叫做维森特-卡尔德隆、出身在桑坦德的吉普赛人拒绝了皇马主席伯纳乌的邀请，后来卡尔德隆当选为马竞的主席。20世纪的六十、七十年代是马竞历史上最辉煌的时期。1961到1962赛季，马竞获得了欧洲优胜者杯的冠军。随后球队迎来了伟大的射手加兰特。1965-1966赛季，马竞终于重夺西甲冠军，同年卡尔德隆球场落成。

“我们把钱财留给他们，把摄影机镜头留给他们，他们却把空洞的记忆留给我们，我们现在要把胜利夺回来！”这是卡尔德隆先生的话，在他成为马竞主席之后的21年里，马德里竞技还夺得了3届西甲联赛冠军，4座国王杯冠军奖杯，一座欧洲优胜者杯的奖杯。在1977-1978赛季，马竞以欧洲冠军杯亚军的身份顶替拜仁参加了洲际杯，并最终捧起了洲际杯。1987年3月24日，卡尔德隆先生星期天在俱乐部加班，因为心脏病突发去世。为了纪念这位马竞历史上最伟大的人物，马德里竞技的主赛场被命名为卡尔德隆体育场。在卡尔德隆出任主席期间，马竞被看做西甲传统三强，成为同皇马、巴萨并肩而立的西甲超级球队。

马竞的球迷以中产阶级和蓝领工人居多，球队廉价的票价和真诚的态度使俱乐部拥有大量朴实的球迷。最有人情味的例子是，如果你是一位65岁以上的老人，只要你拿着会员证，你根本不需要球票就可以进场看球。马竞，不像皇马把足球看作是一种贵族的运动，而是看作平民的娱乐方式。在卡尔德隆时期，马竞共有3万5千名会员，拥有50万名忠实的球迷，而据马竞的官方资料，即使是远东的日本也拥有超过十万人的马竞球迷。

希尔是卡尔德隆后的马竞主席，这位曾经在西班牙军方独裁统治时期在监狱中熬过二年的人第一件事情就是买进了葡萄牙球星富特雷，这个举动花费700万美金。但令人遗憾的是，从1987年到1995年之间，希尔虽然在马竞身上投下巨资，却无法为马竞带来哪怕是一项冠军。

1995-1996赛季，安蒂奇执教马竞，并拥有阿根廷人西蒙尼、古-洛佩斯等名将，马竞也在这个赛季重新夺得西甲联赛的冠军。1999-2000赛季，希尔数次被检查院拘禁，在那个赛季中，拥有贝莱隆、索拉里和莫利纳的马竞降入了乙级。

2000-2001赛季，马竞重新回到了希尔家族手中，希尔将权力下放给了自己的儿子，并且并请富特雷出任球队体育部经理，在这个赛季，马竞获得了西乙第四名，冲甲功亏一篑；在2001-2002赛季，马竞终于成功回到了西甲。2004年，领导俱乐部17年之久的主席希尔逝世。马德里竞技是目前为止西班牙足球俱乐部中历史成绩第三好的球队，夺冠次数、季票持有者数目和总收入仅排在同城死敌皇家马德里和巴塞罗那之后。

球队荣誉：
西甲冠军：1939-1940，1940-1941，1949-1950，1950-1951，1965-1966，1969-1970，1972-1973，1976-1977，1995-1996
国王杯冠军：1959-1960，1960-1961，1964-1965，1971-1972，1975-1976，1984-1985，1990-1991，1991-1992，1995-1996
洲际杯冠军：1974
超级杯赛冠军：1985
优胜者杯冠军：1961-1962