霍芬海姆的前身是于1899年成立的"霍芬海姆体操俱乐部"与1921年成立的"霍芬海姆足球俱乐部".1945年，两个社团合并为现在的"霍芬海姆1899体操与体育联盟"。

1989年之前，霍芬海姆一直是一个自娱自乐式的小球会。在这一年，混迹于德国第七级联赛的霍芬海姆惨遭降级，曾在霍芬海姆青年队受训的欧洲著名软件公司SAP创始人之一的迪特马尔·霍普开始投资俱乐部的足球事业。从此，霍芬海姆在不到20年间完成了7连跳。

1991年，球队重新杀回辛斯海姆市的地区联赛。1992年，霍芬海姆再升一级，进入莱茵-内卡大区联赛。此后的8年中，霍芬海姆俱乐部的参赛级别逐步提升。2000-01赛季，霍芬海姆足球队升入德国南部地区联赛，距离职业化的德乙联赛仅一步之遥。

进入南部地区联赛后，霍芬海姆的升级脚步开始放缓。不过2002-05年间，俱乐部连年登上巴登地区杯赛的冠军宝座，并于2003-04赛季打进了德国杯的1/4决赛- -虽然最终0比1惜败给吕贝克俱乐部，但球队此前1/8决赛中3比2力克德甲劲旅勒沃库森已经爆出了不小的冷门。2005年，霍普开始计划将职业足球的精彩赛事带到莱茵-内卡地区。为了这一目标，霍普最初建议将霍芬海姆和瓦尔多夫以及桑德豪森等三家俱乐部合并，组成一个"海德堡06俱乐部";并由他出资，在海德堡兴建一座现代化球场。不过在合并过程中，由于瓦尔多夫和桑德豪森俱乐部在新球场的选址问题上无法取得一致，谈判最终流产。

A计划失败后，急于缔造一支德甲球队的霍普改在辛斯海姆市兴建新的体育场以作为霍芬海姆冲甲成功后的主场。新的体育场由霍普基金会出资兴建，名为"莱茵-内卡体育场"，标准容量30500人，计划于2009年1月投入使用。

德国男足国家队的现任助理教练弗利克曾于2000-06赛季执教霍芬海姆。2005-06赛季,霍芬海姆打进乙级的计划再次受挫后，合同原本签到2010年的弗利克赛季中途下课。2006-07赛季,霍普为霍芬海姆俱乐部挖来曾任沙尔克04主教练的"足球教授"拉尔夫 兰尼克，并将前曲棍球国家队主教练贝恩哈德 彼得斯请来担任自己的基金会的体育总监。而德国国家队的心理医师汉斯-迪特 赫尔曼也被请来在俱乐部中兼职,豪华的管理团队就此搭建完成。在兰尼克的率领下,霍芬海姆2006-07赛季成功升入德乙。2007-08赛季，霍普投入近1900万欧元引援。实力得到极大加强的霍芬海姆后程发力，一举杀入德甲。

09年夏天,霍芬海姆花费1610万欧元先后签入西穆尼奇(700万欧元),祖库里尼(460万欧元),麦科斯韦尔(450万欧元).俱乐部还引进了格拉尔,艾希纳,塔戈埃(后因心脏问题解约),莱塔拉充实球队阵容.算上从青年队提拔的5名90后球员,霍芬海姆已然成了德甲最年轻的球队