弗赖堡前身的两支球队同于1904年成立，分别是 3 月成立的“Freiburger Fußballverein 04”及 5 月成立的“FC Schwalbe Freiburg”，两队经历多次更改名称，“FC Schwalbe Freiburg”于1905年更名为“FC Mars”，再于翌年改为“Union Freiburg”；而“Freiburger Fußballverein 04”则于1909年更名为“Sportverein Freiburg 04”。1912年两队合并成立“弗赖堡体育俱乐部”（Sportclub Freiburg），同时采纳弗莱堡造币厂的刻印狮鹫头作为会徽图案。

球队在两次大战时代经历多次重组。自1963年德甲成立以来，弗赖堡一直都在低组别联赛载浮载沉。球队最佳成绩，不过是1993年和2003年德乙联赛冠军。

弗赖堡于1978年升级德乙，一直保持中游席位，于1993年获得冠军而升级德甲。升级首季获得第 16 位，仅以得失球差压倒同得 28 分的纽伦堡而免于降级。翌季成绩大跃进，以 3 分及 2 分之差紧随多特蒙德及云达不来梅之后获得季军。1995年首度参战欧洲联盟杯，在第一圈即以两回合累计 1-2 被布拉格斯拉维亚（Slavia Prague）淘汰。1997年弗赖堡只能获得第 17 位而降级，但翌年即夺得德乙亚军回升德甲。再次在顶级联赛逗留四季，成绩最好是2000/01年赛季获得第 6 位，再战欧洲联盟杯，直到第三圈才被当届冠军费耶诺德淘汰，需要兼顾两条战线的弗赖堡于2002年只能排第 16 位降级，翌季再夺德乙冠军升级德甲，但这次只能在德甲两季，于2005年排第 18 位降级。回降德乙两季均只能获得第 4 位，差一点而未能升级。俱乐部在2008-09赛季获得该赛季德乙联赛冠军，从而得以再次升入甲级。